使用反滲透設備時，應特別注意原水的預處理。為避免堵塞反滲透系統，應對原水進行預處理，以消除水中的懸浮物，降低水的濁度。預處理時還應考慮進水的酸堿度。

因為各種半透膜都有其適宜的操作pH值，所以也要考慮進水溫度。膜的透水性隨著水溫的升高而增加。但如果溫度過高，醋酸纖維素膜的水解速度會加快，有機膜會變軟，容易致密。

因此，有機膜的溫度應控制在20-40左右，復合膜的溫度應控制在5-45左右。由于反滲透對原水懸浮物的要求很高，所以水質對懸浮物污染的污染指數常被用來檢測水質。這種方法本質上是測量水中懸浮物對反滲透系統的污染堵塞。進入反滲透蒸餾水設備時，水污染指數應不大于5，推薦值一般小于3。